No largo fronteiro, encontra-se uma imagem do Santo, benzida e inaugurada pelo Papa São João Paulo II em 1982, que aqui quis vir rezar por devoção pessoal, e aqui falou à Família Franciscana e à Edilidade da Câmara Municipal de Lisboa, cidade da qual o Santo é o Padroeiro principal. Esta obra é da autoria de Domingos Soares Branco e foi, por ele, restaurada em 2004, o projeto inicial desta Imagem é de 1970. Esta Imagem é onde os peregrinos e visitantes colocam velas a arder em honra do Santo. Muitos são, também, os que atiram pequenas moedas para a Imagem, afim de que fiquem no regaço junto ao menino ou no capuz do Santo, como forma de pedir um bom namoro ou bom casamento.
A Imagem: Por um lado, a estátua numa representação tradicional de Santo António, de Hábito Franciscano vestido, uma Cruz e a Bíblia sobre a qual o Menino Jesus, de pé, segurando-se no ombro do Santo, parece querer interagir com ele, como fazem as crianças, estendendo os braços em gesto de ternura e confiança plena. Desta forma o autor mostra-nos os valores da vida e também do Franciscanismo tão pregados por S. Francisco e Santo António.

Este altar, chamado do quadro milagroso, está decorado com elementos do estilo neoclássico (séc. XVIII) e é onde se venera uma das mais antigas pinturas de Santo António. Possivelmente do século XVI, esta pintura retrata o Santo com as suas feições mais verdadeiras, sendo conhecida como a “vera efígie do Santo”. A par com as relíquias, é o maior foco da veneração dos devotos, que aqui vêm para a beijar, tocar com as mãos ou com cravos, deixando assim as suas preces e gratidão.

Altar do Séc. XVIII de estilo tardo-barroco em talha dourada. Uma tela de Pedro Alexandrino representa a Adoração dos Pastores. No centro da composição, a Virgem Maria, ajoelhada diante da manjedoura, segura o Menino Jesus apresentando-o aos pastores que, depois do anúncio dos anjos, correram para adorar o Messias. Do lado esquerdo da tela, ergue-se São José que, de olhos fixos no espectador, aponta com a mão direita para o Deus Menino e convidando-nos, com o braço esquerdo, a entrar na cena e a, tal como os pastores, adorarmos o Filho de Deus. Destacamos neste altar a imagem de Nossa Senhora de Fátima, que faz memória das aparições de Nossa Senhora aos três pastorinhos em 1917.

Altar dedicado ao Pentecostes, a descida do Espírito Santo, com um retábulo de estilo tardo-barroco em talha dourada (séc. XVIII). Neste retábulo, uma pintura da autoria de Pedro Alexandrino narra a descida do Espírito Santo sobre a Virgem Maria e os Apóstolos, no dia de Pentecostes. No topo da composição surge uma pomba, símbolo do Espírito Santo, e sete línguas de fogo, os dons do Espírito. Destacam-se na pintura as figuras da Virgem e de três Apóstolos que seguram os Evangelhos. Tratam-se eles dos Evangelistas João, Marcos e Mateus. Destacamos neste altar a imagem de São Luís IX, Rei de França (1214-1270), Padroeiro da Ordem Terceira de São Francisco.

O altar da sacristia tem uma enorme importância, na história desta igreja, pois foi diante dele que, a 4 de novembro de 1775, 20 anos após o terramoto, se celebrou um solene “Te Deum” em ação de graças pela reconstrução da igreja. O retábulo apresenta uma Sagrada Familia, da autoria de Bruno José do Vale, pintada em 1775. Para esta obra, o pintor, usa como modelo a Sagrada Familia encomendada por D. João V a Masucci para a Basílica de Mafra. Além da Virgem Maria com o Menino Jesus ao colo, destaca-se a figura de João Baptista, ainda também menino, que, na filactera que pende da cruz que segura, anuncia a presença do Cordeiro Deus (Ecce Agnus Dei). Presentes na composição, em segundo plano surgem os seus pais, Isabel, prima de Maria, e Zacarias. Do lado esquerdo, ainda em segundo plano, surge o discípulo amado, o Evangelista São João. Em primeiro plano vemos Santa Ana e São Joaquim, pais de Maria e avós de Jesus. A composição é encimada pelas representações de Deus Pai e do Espírito Santo, revelado pela pomba. Esta existência de dois níveis, o divino e o terreno, unem-se na verticalidade da linha compositiva e que encerra assim as três Pessoas da Santíssima Trindade.