Este altar, llamado el cuadro milagroso, está decorado con elementos de estilo neoclásico (siglo XVIII) y en él se venera una de las pinturas más antiguas de San Antonio. Posiblemente del siglo XVI, esta pintura retrata al Santo con sus rasgos más auténticos, siendo conocida como la “verdadera efigie del Santo”. Junto con las reliquias, es el principal foco de veneración de los devotos, que acuden aquí a besarlo, tocarlo con las manos o con las uñas, dejando así sus oraciones y agradecimientos.

Altar barroco tardío del siglo XVIII en madera dorada. Un lienzo de Pedro Alexandrino representa la Adoración de los pastores. En el centro de la composición, la Virgen María, arrodillada ante el pesebre, sostiene al Niño Jesús, presentándolo a los pastores que, tras el anuncio de los ángeles, corrieron a adorar al Mesías. En el lado izquierdo del lienzo, San José, con la mirada fija en el espectador, señala con su mano derecha al Niño Dios y nos invita, con su brazo izquierdo, a entrar en la escena y, como los pastores, adorar al Hijo de Dios. En este altar destaca la imagen de Nuestra Señora de Fátima, que conmemora las apariciones de la Virgen a los tres niños pastores en 1917.

Altar dedicado a Pentecostés, la venida del Espíritu Santo, con un retablo barroco tardío de madera dorada (siglo XVIII). Este retablo, una pintura de Pedro Alexandrino, representa la venida del Espíritu Santo sobre la Virgen María y los Apóstoles el día de Pentecostés. En la parte superior de la composición hay una paloma, símbolo del Espíritu Santo, y siete lenguas de fuego, los dones del Espíritu. En el cuadro destacan las figuras de la Virgen y tres Apóstoles que sostienen los Evangelios. Se trata de los evangelistas Juan, Marcos y Mateo. En este altar destaca la imagen de San Luis IX, rey de Francia (1214-1270), patrón de la Tercera Orden de San Francisco.

El altar de la sacristía es de gran importancia en la historia de esta iglesia, ya que frente a él se celebró un solemne «Te Deum» el 4 de noviembre de 1775, 20 años después del terremoto, en acción de gracias por la reconstrucción de la iglesia. El retablo presenta una Sagrada Familia de Bruno José do Vale, pintada en 1775. Para esta obra, el pintor tomó como modelo la Sagrada Familia encargada por el rey Juan V a Masucci para la basílica de Mafra. Además de la Virgen María con el Niño Jesús en su regazo, destaca la figura de Juan Bautista, también todavía niño, que, sobre la filacteria que cuelga de la cruz que sostiene, anuncia la presencia del Dios Cordero (Ecce Agnus Dei). Presentes en la composición, al fondo están sus padres, Isabel, prima de María, y Zacarías. En el lado izquierdo, siempre en segundo plano, está el discípulo amado, el evangelista San Juan. En primer plano vemos a Santa Ana y San Joaquín, padres de María y abuelos de Jesús. Rematan la composición las representaciones de Dios Padre y del Espíritu Santo, revelados por la paloma. Esta existencia de dos niveles, el divino y el terrenal, se une en la verticalidad de la línea compositiva y encierra así a las tres Personas de la Santísima Trinidad.